Opencourse Βιοπληροφορική

Εισαγωγή στις βασικές έννοιες βιολογίας. Βιολογικά μακρομόρια DNA και RNA. Δομικά στοιχεία πρωτεΐνών. Βιολογικές βάσεις δεδομένων. Πίνακες αντικατάστασης. Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού. Στοίχιση αλληλουχιών κατά ζεύγη. Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών. Πρότυπα και μοτίβα στις αλληλουχίες των βιολογικών μακρομορίων. Βασικές αρχές εξέλιξης. Φυλογενετική ανάλυση. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων με τους αλγόριθμους UPMGA, Fitch‐ Margoliash & Neighbor‐joining. Μικροσυστοιχίες DNA. Οι ευρετικοί αλγόριθμοι FASTA & BLAST. Ιατρική πληροφορική και Βιοπληροφορική.

Στόχοι Μαθήματος

O στόχος της Βιοπληροφορικής είναι η εφαρμογή της τεχνολογίας  υπολογιστών στη διαχείριση και την ανάλυση των βιολογικών  στοιχείων. Ειδικότερα, ο στόχος του μαθήματος είναι οι φοιτητές να  ασχοληθούν με τον υπολογισμό, την αποθήκευση, την ανάλυση, την  γραφική αναπαράσταση, την προσομοίωση/μοντελοποίηση των  βιολογικών πληροφοριών.

Προαπαιτούμενες Γνώσεις

Κανένα

Περιεχόμενα

Εισαγωγή στις βασικές έννοιες βιολογίας. Βιολογικά μακρομόρια DNA και RNA. Δομικά στοιχεία πρωτεΐνών. Βιολογικές βάσεις δεδομένων. Πίνακες αντικατάστασης. Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού. Στοίχιση αλληλουχιών κατά ζεύγη. Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών. Πρότυπα και μοτίβα στις αλληλουχίες των βιολογικών μακρομορίων. Βασικές αρχές εξέλιξης. Φυλογενετική ανάλυση. Κατασκευή  φυλογενετικών δέντρων με τους αλγόριθμους UPMGA, Fitch‐ Margoliash & Neighbor‐joining. Μικροσυστοιχίες DNA. Οι ευρετικοί  αλγόριθμοι FASTA & BLAST. Ιατρική πληροφορική και  Βιοπληροφορική.